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その高校の裏庭には小さな祠がある。
いつ、誰が、何のために作り何を祀ったものなのか誰も知らない。 しかし、生徒も教師も、街の人々も皆口を揃えてこう呼ぶ『──トコヨサマ』と。
学園の一年生、八上朔也（やがみさくや）と須芹未姫（すせりみき）は新聞部のコンテストで使用する写真選びで夜遅くまで残っていた。 2人が帰ろうとしたその時、学園は霧に包まれ、正体不明の化物に襲われる。
校内を逃げる2人は昼間にはなかったはずの石化した生徒達を発見する。 このままでは自分達もやられる。 必死に反撃する2人。 だが化物と戦う中で、未姫は囚われ、朔也自身も傷を負ってしまう。
その時、朔也の耳に不思議な声が聞こえてくる、『──トコヨサマへ行け』。 戸惑いながらも声に従い古びた祠に向かうと、毬ともネコともつかぬ不思議な存在──付喪神の命部（ミョウブ）」と出会う。 命部は告げる。 この世＝現世と常世と黄泉、三つの世界の流れに異変が生じ、今、学園は常世の一部となってしまったと。 そして今、朔也に宿る【御魂守】の力が目覚めたと。
未姫を救うため、朔也は命部の導きで祠から異世界・常世へと渡る。 だがそこで待っていたのは、時を紡ぐ世界──現世（ウツシヨ）、時が積み重なる世界──常世（トコヨ）、時が死を迎える世界──黄泉（ヨミ）、その三つの世界に迫る、より大きな危機についての情報だった。
