ゲームの途中では、ピーチ姫を監禁している謎の組織メガバッテン軍の野望が明らかになってくる。さらに、おなじみのクッパも｢ピーチ姫をさらうのはオレ様だ！｣と行動を開始し、本作のストーリーに絡んでくることに……。