このゲームの世界は主に立方体のブロックで構成されており、プレイヤーはそのブロックを自由に破壊したり設置したりすることができる。
立方体のブロックを設置したり破壊するソフトは数多くあるが、Minecraftは地上には草原、森、砂漠、雪原などのさまざまな気候(バイオーム)や地形が存在し、地下には洞窟が広がっていて、昼夜の概念もあり、プレイヤーはその世界で自由に生活できる。
ブロックともう一つ、重要な要素としてCrafting(工作)があり、ブロックやアイテムを組み合わせて、新しいブロックやアイテムを作ることができる(例:木の棒+石炭=たいまつ4本、原木をかまどで焼く=木炭)。 高い場所にブロックを設置するには足場を作る必要があったり、上位の発掘ツールを使用してより高度な素材を手に入れたり、耐久値のある道具を使うことで効率よくブロックを破壊できたり、敵の侵入を防ぐ為にアイテムを設置したり武器を作って倒したりするなど、ゲーム的な楽しさが追加されているのがMinecraftの大きな特徴と言える。
また、プレイヤーの動作で反応するスイッチ類も作ることができ、採掘されるアイテムにレッドストーンの粉(レッドストーンパウダー)と呼ばれるものを地面に撒いたり、これを素材にしたアイテムを併用することで信号回路や機械的な仕掛けも作ることができる。