ネイキッド・スネーク
元FOX隊員。スネークイーター作戦で世界を全面核戦争の危機から救い、BIGBOSSの称号を授与される。FOXの陰謀によって拘束され、カニンガムより賢者の遺産のありかを尋問される、しかし本人は遺産のことを全く知らされていない。

ロイ・キャンベル
グリーンベレー所属。サンヒエロニモ半島に派遣されたがFOXによって部隊は壊滅、捕虜となった。その収容所でビッグボスと出会い、ともに脱出を図ることとなるが、負傷のため戦闘には参加せずトラックを運転する。今回、女好きな一面が明らかになった。女性を口説くために心理学まで学んでいる。

ジーン
FOX隊員。ビッグボス除隊後のFOXの中心人物。CIAから核兵器を盗み出し、ICBMをソ連へ発射すると脅迫する。コードネームは「ヴァイパー(毒蛇)」。強化版CQCである「CQCエンハイサー」を使う。最高の司令官を作り出すための「相続者計画」により産み出された兵士であり、ザ・ボスをモデルとしている。その為、彼女に直接指導を受けていたスネークとはある意味での兄弟にあたると本人は思っている。ヌルを一撃で倒すほどのESP能力者であり、自分の思うがままに兵士達を操ることが可能な演説力を持つ。ビッグボスに敗北後、兵士達の楽園「アーミーズヘブン」を作るための遺産を受け渡した。「無限」と書かれた専用武器「ボウィーナイフ」を持っている。

カニンガム
FOX隊員。戦闘による負傷で第一線から引退し、現在は義足である。FOXの捕虜尋問官であり、スネークから残り半分の賢者の遺産のありかを尋問する。FOXの母体であるCIAに恨み(彼が片足を失うことになったのはCIAのFOXへの処遇の悪さが原因)があり、現在では裏でCIAと予算の奪い合いをしている国防省と繋がり、CIAに泥を塗り国防省の権限を高めるための任務を与えられていた。その為目的達成後はビッグボスに自身が知っている情報を教え、ヘリで基地からの脱出を促した。その後「デイビークロケット」で基地を消滅させるつもりだったが、ビッグボスがそのやり方に楯突いたため戦闘に。しかし敗北が確実になったため「デイビークロケット」を使用しようとしたが直前に機体共々爆散した。コードネームは「ボア(王蛇)」。専用武器「レーザー」を持っている。

パイソン
FOX隊員。スネークのかつての戦友。戦場で受けた傷によって体温調節機能に異常が生じており、特殊な冷却スーツを身に着けている。また、そのため常に冷気に包まれており、頭に無数の針が刺さっている。スネークを倒すためだけにCIAによって生かされている、アンチスネーク兵士。専用武器「冷却グレネード」を持っている。蛇足だが、彼はライフキルかスタミナキルかで直後のデモが変化するがストーリーは何故か変化せず、設定上あの時点で生存したのか戦死したのか分からない。

ヌル
「絶対兵士」。確実に任務を遂行する最強兵士として育てられ、五感を遮断する棺桶状の水槽に入れられている。卓越した身体能力を持ち、マチェット(鉈)を使った戦いを得意とする。本名はフランク・イェーガー[Frank Jeager]、すなわち後のグレイ・フォックスである。ビッグボスとは2度に渡り争うが敗北、最終的に彼は帰国し入院した模様。専用武器「マチェット」を持っている。

ウルスラ
静かにジーンに付き従い、強力なESP能力を持つFOXの「少女隊員」。ESPを高めるトレーニングの過程で人格が2つに分かれており、医療チーフのエルザとは双子の姉妹ということになっている。冷淡な性格で、スネークが世界を滅ぼすという予知をしたためメタルギアRAXAに乗り込み、スネークを追いつめるもスネークにメタルギアRAXAを撃破され、消息不明となる。

エルザ
FOXの医療チーフでウルスラのもう一方の人格。スネークがメタルギアを破壊する予知を見たため、スネークの仲間になる。ウラル核惨事で被爆しており、核に対して強い険悪を示す。事故の影響でESPを身に付けた。ウルスラに体を乗っ取られた際にメタルギアRAXA共々爆死したと思われたが生存しており、自身を死んだと思い込み精神のガードが甘くなったジーンの思考を読んで、彼が本気で核を使用しようとしていることを知り、それを止めようとするが、肉体自体は生身の女性の為ジーンの速度に着いていけず刺される。その際にエルザとウルスラが予知したビックボスの将来や子供達について伝えた後、息を引き取った(この際はエルザとウルスラ2つの人格が表に出ている様に見える)。声は後藤沙緒里が二役担当している。

ゼロ少佐
本名デイヴィッド・オウ。国家反逆罪の容疑で国防省傘下の軍に拘束される。元SAS所属で、当時ザ・ボスとは同期だった。後に特殊部隊「FOX」の司令官に就任。バーチャスミッションおよびスネークイーター作戦では、作戦全体の指揮官を務めた。ジーンの台詞に「ヌルと同じコードネームを持つ男」(ヌルはドイツ語でゼロを意味する)とある事から、オセロットと繋がっているのではないかと思われる。

パラメディック
バーチャスミッションおよびスネークイーター作戦の際にビッグボスの医療サポートを務めた。1970年にはワシントン州シアトルに米国初のパラメディック制度を導入している。パラシュートで降下してくる。無線相手のリストにも名前が載る。

シギント
元FOX隊員。スネークイーター作戦の際にビッグボスの技術サポートを務めた。1965年にFOXからARPAへと転向し、ARPAnetの立ち上げに大きく貢献した。やはり無線で話も聞ける。CIAにおいてUMA探求クラブ副会長を務める。ちなみに会長はゼロ少佐。

ジョナサン
元ソ連兵。ジーンに賛同して蜂起をするがスネークとキャンベルの説得により仲間になる。ジーンの演説により暴走したソ連兵の流れ弾からスネークを庇い死亡する。ちなみに、どのエリアでどの敵兵を捕まえても最初の一人目は必ずジョナサンになる。

スコウロンスキー大佐
サンヒエロニモ半島の本来の司令官。ジーン率いるFOX部隊の反乱により兵士の統率を完全に失ったことにより、狂人となる。RAXAにいつの間にか搭乗していたが、ウルスラのESPで無理やり引きずり出されその後消息不明。

イワン・ライデノヴィッチ・ライコフ
スネークイーター作戦の際にソ連軍の少佐として登場。後ろ盾であったヴォルギン大佐の死後、権力争いに巻き込まれ失脚する。サンヒエロニモ半島に配属されるも、性格上問題(部下に対して暴力を振るうなど)がありたらいまわしにされていた。ちなみに、彼の名前はロシア語で「雷電はライコフの親」という意味だが雷電と血縁関係にあるか不明である。

EVA
元中国諜報機関のスパイ。EVAとは偽って使った名前であり、本名不明(ちなみに、本物のEVAは男性)。前作でオセロットにより偽の遺産データを持ち帰ったためクビになり、現在はフリーの傭兵パイロットをしている。ある条件により使用可能になる。

リボルバー・オセロット
GRUの特殊部隊スペツナズのエリート集団である「山猫部隊」隊長。ジーンの話の中から彼の名前が何度か登場してくる。CIA本部が核攻撃の標的になっていることを知り、賢者達のリストを持ち出して核シェルターに避難しようとしたCIA長官を待ち伏せして殺害。賢者達のリストを入手。遺産も入手したと思われる。

ニコライ・ステパノヴィッチ・ソコロフ
MGS3でシャゴホッドを設計した科学者、ヴォルギン大佐に殺されたと思われていたが生きていたようである。ジーンに強制収容所から助け出され、グラーニンが発案したメタルギアを作っていたが、計画の真意を知りスネークに対し「ゴースト」と名乗り、無線でサポートする。

テリコ・フリードマン
メタルギアアシッドに登場。アシッドのデータを連動させることにより使用可能になる。    

ヴィナス
メタルギアアシッド2に登場。アシッド2のデータを連動させることにより使用可能になる。


※テリコとヴィナスは1970年代までにクリアすると勝手に仲間に加わっています。(自分は試しました。)
公式HPでロイが言ってた。
     ↓
http://jp.wazap.com/cheat/289817.jsp
(自分が投稿した攻略です。)

結果

詳しい設定が分かる!!


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