敵から隠れて任務を遂行する隠密アクションMGSシリーズがPSPに。ストーリーは「スネークイーター」作戦の6年後。FOX部隊を除隊したスネークは、軍事クーデターに巻き込まれ南米の見知らぬ軍事施設に投獄される。反乱を起こした敵部隊の名はFOX部隊。反乱の首謀者と目され西側からも追われるスネークは孤立無援のまま敵地脱出を余儀なくされる。従来の俯瞰カメラから、SUBSISTENCEで導入された3rd Person Viewを採用。ネットワークモードでは、自分の部隊の兵士と友達の兵士を交換することも可能になった。現実の街中にある無線アクセスポイントの電波を受信し、新たなキャラクターも集められる。また、「GPSレシーバー(PSP-290)」にも対応。