ザ・ボス「いい？兵士はいつも同じ側とは限らない。戦闘相手は政治によって決まる。軍人は政治の道具にすぎない。」
スネーク「俺は成果をあげるためにもてる力を使う。政治的なものは意識しない。」
ザ・ボス「東洋では『忠を尽くす』という言葉がある。」
スネーク「主君への・・・愛国心？」
ザ・ボス「国への献身。」
スネーク「俺も大統領や軍のトップに従う。そのために死ねる覚悟だ。」
ザ・ボス「任務は人がくだしているものじゃない。」
スネーク「では誰が？」
ザ・ボス「時代よ。時の流れは人の価値観を変える。国の指導者も替わる。だから絶対敵なんてものはない。私たちは時代の中で絶えず変化している相対敵と戦っているの。昨日の正義は今日の悪かもしれない。『忠を尽くしている』限り、私たちに信じて良いものはない。・・・たとえそれが愛した相手でも・・・。ただ一つ、絶対に信じられるのは、・・・任務だけよ。」

ヴォルギン「さっそく、この手みやげを使わせて貰おう。」

小型核砲弾を構えるヴォルギン

オセロット「大佐！敵対しているとはいえ、同志ですよ。同志に核を使うんですか！？」

オセロットに構わずに小型核砲弾を発射させるヴォルギン

オセロット「大佐！」

ザ・ボス「待っていたわ、スネーク。貴方の誕生、成長、そして今日の決着を。」
スネーク「ボス・・・どうしてなんだっ！？」
ザ・ボス「どうして?・・・世界をひとつにするためよ。かつて世界はひとつだった。だが大戦の終結を共に世界は分散した。コブラ部隊もばらばらになった。共に訓練し、共に戦った仲間だ。」

スパイが最も暗躍した時代
冷戦下の1964年
世界は東西に分かれていた

ゼロ「全面核戦争を回避するには例の核爆発にアメリカが関与していないことを証明しなければならない。」
スネーク「ザ・ボスを抹殺することが潔白の証明になると？」

スネーク「ボス！」

牢獄で目覚めるスネーク。視界が左に偏っている・・・右目を損傷しているのだ。

ゼロ「いいか、この任務はお前にしかできない。おまえは彼女の最後の弟子だ。」
スネーク「俺は殺し屋じゃない。」

ザ・ボス「もはやおまえのボスは私ではない。」
スネーク「なぜ亡命を？・・・」
ザ・ボス「亡命ではない。自分に忠を尽くした。おまえはどうだ？国に忠を尽くすか？それとも私に忠を尽くすか？」

ゼロ「スネーク、やるしかないんだ。わかるな？彼女は敵だ。」
スネーク「敵？十年一緒にいた、ザ・ボスが敵だと？」

どんなに攻撃しても倒されていくスネーク

EVA「スネーク、好きな人はいるの？」
スネーク「他人の人生に興味を持ったことはない。」
EVA「ザ・ボスには興味をもった？どんな関係だったの？」
スネーク「俺の親であり、師匠だった。」
EVA「恋人でもあった？」
スネーク「それ以上の存在だ。俺の半分は、ザ・ボスのものだ。」
EVA「好きなの？」
スネーク「そういう感情じゃない。」
EVA「嫌いなの？」
スネーク「好きか嫌いか・・・そのどちらかでないといけないのか？」
EVA「そうよ。男と女の間柄はね。」
スネーク「十年 生死を共にした。とても言葉ではいえない。」
EVA「そんなザ・ボスを、殺せるの？ザ・ボスの暗殺・・・それがあなたの任務でしょう？」

ヴォルギン「世界はもともとひとつだった。引き裂かれた世界をひとつにする。そのためには力が必要だ。世界をまとめるに足る絶対的な切り札が・・・それがコブラ部隊。そしてシャゴホッド。」

ザ・ボス「ボスは二人もいらない。蛇はひとりでいい。」

燃える建物の中から屋根や壁を壊しながらシャゴホッドが出てくる。

ヴォルギン「スネェーク！まだだぁっ！！」

バイクで逃げるスネークとEVA、追うシャゴホッド。

よくこんなに覚えてますね