以前の作品と比べると、好きなステージに好きなだけ行けるということはなくなり、また、大勢のポケモン同士のバトルもなくなってしまっていた。
しかも以前は３つあった歯車がなくなり、一度負けたらアウトになってしまっている。（ただしポケダイヤで回避可）
しかし基本的なところは充実しており、ポケダンのように全種類のポケモンが登場しないといったケチくさいことはなく、さらにシリーズ初のメガシンカだけでなく外伝では初めてゲンシカイキまでも実装されている。

良い点

カセットでも買えるゲームだったこと。
ポケモンの出し惜しみをせず、無課金でもかなり楽しめる内容だったこと
課金に上限があり、実質フル課金でソフト１つぶんほどの金額になるので必要以上に儲けようとしていないところ
さらにフル課金後にはポケダイヤ製造機なるものを与えるなど、かなり良心的なところ

悪い点

ポケバンクに引き続き、ネット通貨を必要とするもので、いわゆる課金ゲームになってしまったこと。
いつでも好きなステージに何度でもいけるわけではなくなったこと。
ストーリーが若干薄く感じたところ