2201年、コスモクリーナーＤによって、滅亡の危機を逃れた人類は、急速な勢いで文明を復興していた。だが、宇宙の彼方より、再び脅威が迫りつつあった。星ぼしを破壊しつつ、宇宙を進撃する謎の白色彗星が、刻一刻と太陽系に接近しつつあったのだ。一方、白色彗星の到来を警告する謎のメッセージを受信した古代、相原の元ヤマトクルーは、防衛軍上層部に彗星の危険を進言するが、聞き入られない。そこで、古代はかつてのヤマトクルーを召集、防衛軍の制止を振り切りメッセージの発進源を目指しヤマトを発進させる。だが既に、侵略者の魔の手は、太陽系第11番惑星にまで及んでいた……。