ポケモンのエメラルド改造して色違いミュウを捕まえたいのですが

ポケモンのエメラルドで改造コードにより、ふるびたかいずを入手するなりして、さいはてのことうに行き、

そこからは普通 にミュウを乱数で色違いを捕まえてxyに送ろうとした場合、
そのミュウは正規として扱われますか?
改造判定をうけたり、データ破損の原因になりませんか?

また、同様の方法で正規の色違いダークライなどを入手できますか?

やる予定はないですが、気になったので質問しました
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