情報をまとめてみると、セーブデータには、本体の情報と
PSNアカウント情報が紐付けされているようです。
本体更新またはソフトを中古で手に入れた場合、以下の条件で
トロフィーの取得ができる模様です


・本体を更新した場合
PSNにサインインせずにプレイしていた場合…継続プレイでの取得は不可、
セーブデータの初期化が必要。

PSNにサインインしてプレイした場合…サインインしトロフィーの同期を
行うことで継続取得可能。
セーブデータをゲームカード内に保存するソフトも、メモリカード内に
保存するソフトも同様です。

・ソフトを中古で手にした場合
セーブデータをゲームカード内に保存するソフトの場合…内部のデータを
削除することにより新規取得可能。
セーブデータをメモリカード内に保存するソフト…セーブデータは
新規となるので何もせずに新規取得可能。