物語の舞台は、3年後へ。
西暦2074年。
−前作の事件から3年が経った。
世界は今も謎の生物「アラガミ」による脅威の下にあった。
独自の研究で強化された特殊部隊「ブラッド」の一員として、フェンリル本部直轄の研究機関”フライア”に乗って極東支部に赴任する主人公。
そこには、最近極東地区に降り始めたという謎の「赤い雨」を浴び、凶暴化した「感応種アラガミ」と、不治の病を罹った人々がいた。
アラガミに蹂躙された世界で、人々の幸せを守りたいと願う若き兵士達のそれぞれの選択は、どのような結末へと導かれていくのか。
神のいなくなった世界で、再び終わらない戦いが始まる。