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突如として日本を侵略した「大国（たいこく）」と、自主独立をかかげて戦い、遂に独立を勝ち取ったかに思えた新日本政府だったが、敵の航空勢力出現により大国は再び勢力を盛り返し、国土をほぼ二分とした状態で「第二次解放戦争」が勃発した。
新日本側も、西日本を拠点とした防衛戦線を張りめぐらし、解放機の増産を開始。多様な機体が誕生し、戦備を増強していった。
またこの頃、解放機パイロットの適性に関しての研究がさらに進み、「解放力」と呼称されるようになる。解放力は霊的素粒子「ミスティクル」を引き寄せる性質に左右され、適合が認められた者は、すべて10代の少年少女だった。このことから、ネクスト・ニューエイジ派の支持を集め、彼ら、彼女らは時代を牽引する選ばれたリーダーとして閣僚へ、あるいは与野党首脳部へと推挙された。
そして、翔子の幼なじみで本作の主人公である「海堂清人」も大統領首席補佐官として赴任する。
こうして大空翔子内閣は、大統領および閣僚自らも出撃する「決戦型内閣」として第二次解放戦争を展開することになる。しかし、その影では政治的策謀がうごめき、新日本内部にも徐々に影が広がっていく。果たして戦争の結末に待つものは……!
