崩壊する東京――
“都市迷宮”に隠された謎を解け!
20XX年 新春 東京。
その超人的な能力で、幾多の敵と戦って来た特務部隊「エクス」。
彼らの活躍によって、世間を騒がせた怪奇事件はすでに過去の話となっていた彼らの日常は、ついに戦いから解き放たれるかに思われた。
しかし、異変は突如として訪れる。天空に現れた推定全長3,000kmを超える謎の物体「エンブリオ」。これは終末の兆しか、それとも福音なのか……。
世界中が騒然とする中、事態を重く見た国連はCPOへ協力を要請。「エクス」による大規模突入作戦が行われた。勝利は目前に思えた、その時――