時は大正。
星稜院に入学して、一年が経とうとしていた春。
主人公はある噂を耳にする。
星稜院のどこかにある百年に一度咲く桜、百年櫻。
花が開いたとき、その下で願いを唱えると桜の精霊が叶えてくれるという。
言霊使いの主人公の願い。
それは今は亡き西嶋の最期の言葉を六月一日に届けること。
言霊では叶えられない願いを叶えるため、百年櫻を探すことに。
事件でパートナーを組んだ彼とは恋人同士。
恋人や仲間と共に百年櫻を見つけることが出来るのか。
そして、桜の季節の先……、主人公が得るものとは?
今、百年に一度の桜の季節が始まる――……。