この世界の霧を晴らすために史上最大の作戦が始まる。
深い霧に覆われた大陸イリスクラウド。各国の国境にそびえる巨大樹の周囲から全世界へ広がるその霧の中には、凶悪な魔物が棲み着き、人を惑わし、人を襲った。
そして、霧が現れる前に何者かによって敷かれたレールの先に眠る守り人に会えば、迷いが晴れるという伝承を頼りに、イリスクラウドの五国は幻霧の中を走行できる魔導列車「ミストトレイン」の開発に成功する。
「特鉄隊」の隊長に任命された主人公は軍学校の生徒たちと共に列車に乗り込み、霧の中へと旅立っていくのだった。