西暦2060年。
フロンティア船団を襲ったバジュラとの戦いから1年が過ぎ、銀河にも平穏が訪れた。S.M.Sセフィーラ支社に所属する「リオン・榊」は、銀河の辺境にある『惑星ウロボロス』に任務のため訪れる。しかし突如現れた所属不明機と交戦し、撃墜されウロボロスに墜落してしまう。
墜落したリオンはS.M.Sウロボロス支社長を務める「アイシャ・ブランシェット」に救出されるが、不定期に発生するフォールド断層『ウロボロスオーロラ』によって帰還することができなくなってしまう。
惑星から脱出するまでの間、アイシャと行動を共にするようになったリオンは、遺跡調査任務の際に地下で眠っていた謎の少女と出会う。
少女の目覚めにより動き出していく物語。
リオンは過去からやってきた伝説の歌姫やパイロット達と共に、惑星ウロボロスを、銀河を守る戦いに挑んでいく。