490匹以上のポケモンが登場!!『ポケモン不思議のダンジョン 時の探検隊・闇の探検隊』がパワーアップした「『ポケモン不思議のダンジョン 空の探検隊』が登場。
ある日、見知らぬ浜辺で目を覚ましたキミは、なぜかニンゲンからポケモンになっていた。記憶を失っていたキミは、助けてくれたポケモンとパートナーになり、ギルドに弟子入りすることになる。たくさんの困難を乗り越え、キミとパートナーは探検隊として成長していく。そんなキミとパートナーをある大事件が待ち受ける。
不思議のダンジョンには決まったマップというものがなく、入るたびに、マップの形はおろか、出現する敵や落ちているどうぐも変わる。そのため、毎回新たな気持ちで挑むことができるんだ!ダンジョンの中では敵も味方もターン制(主人公が動けば、パートナーも動き、敵もうごく、を順番に繰り返す)で行動する。主人公が動かなければ敵も動かないので、次に何をするかじっくり考えて動こう!
ダンジョン内で敵に倒されたり、わなにかかって倒れると、ダンジョンから戻されてしまい、その際、持っていたお金は半分なくなり、どうぐもいくつか失ってしまう。そのため、倒されないように、常にハラハラドキドキの冒険が展開!万一、倒されてしまったら、特定のダンジョン以外は、友だちに助けてもらうこともできるよ。友達に助けてもらえれば、お金もどうぐも失わずにその場で復活できるんだ!「ともだちきゅうじょ」は、近くの友だちに助けてもらうワイヤレス通信と、遠くの友だちにも助けてもらえるWi-Fi通信、そしてパスワードの3つがあるぞ。
本作では『時の探検隊・闇の探検隊』からさまざまな要素が増えている。まず、主人公になれるポケモンが新たに5種類増え、空の探検隊になんとシェイミ<スカイフォルム>が登場!?あたらしいエピソード「てんさいププリン」と「あんこくのみらいで」が収録され、時の探検隊・闇の探検隊をプレイした人も十分たのしめるようになっている。