短時間で遊べるシンプルなアクションゲーム。魔女見習いの女の子を操作して、水上に浮かぶ丸太を足場に魔力の詰まった泡を割りまくろう。
「バブルソート」はその名の通り、「バブル（泡）」をテーマにしたアクションゲーム。ゲームの主人公は、「みなも」という名前の魔女見習いの女の子。魚と銃が組み合わさったような姿の「カジキ」と行動をともにしている。カジキはもともと人間で、みなもの魔法によって、人間の姿に戻してもらいたいからだ。みなもの魔法を成功させるためには、一定の魔力をためる必要がある。魔力を確保するには、カジキの口から発射される高圧の水流で、魔力が詰まった泡を割るしかない。みなもとカジキは、協力してどんどんと泡を割ってゆく……。
操作はキーボード（またはジョイパッド）で行う。みなもの左右移動とショットの発射方向（4方向）の決定はカーソルキー。【Z】キーではジャンプ、【X】キーではショットを発射する。【C】キーでは、泡の出現スピードをアップさせられる。ジョイパッドの場合、オプション画面でボタンの割り当てを変更できる。
ゲームの目的は、いたってシンプル。2分間の制限時間内に、水中から湧き出してくる泡を撃って割りまくること。泡を割れば割るほど、多くの魔力（＝スコア）を獲得できる。ただし、割り損ねて泡がひとつでも画面上部に達してしまったり、みなもが水中に落ちてしまったら、その場でゲームオーバーとなる。
ゲームオーバーになることなく2分間経過すると「クリア」とみなされ、獲得したスコアの20%がクリアボーナスとしてスコアに追加される。また、一定数の泡を割ると「レベル」がアップする。レベルアップすると、泡の出現量や上昇スピードが上がる。さらに足場が流されるため、レベルが上がるほど移動が困難になる。
ゲームクリア、ゲームオーバーにかかわらず、ゲーム終了後には獲得したスコアに応じたエンディングが表示される。カジキが無事人間に戻れるよう、頑張ってハイスコアを獲得しよう。カジキを人間に戻すことができなくても、一定以上のハイスコアを獲得すると、時間無制限の「エンドレスモード」が追加される。
ハイスコアを狙うには、空から降ってくるアイテムを上手に利用することがポイント。登場するアイテムは、10秒間泡の出現量が増える「スウィートチョコ」、画面上のすべての泡が一段階大きくなる「バブルガム」、得られるスコアが10秒間2倍になる「いちごキャンデー」の3種類。
画面上部に移動するための「泡に乗る」テクニックも重要だ。泡に乗るには、泡を割らないようにして触れればよい。泡に乗れば「アイテムの落下を待つことなく積極的に取る」「ジャンプでは届かないほど上空まで上がってしまった泡を壊す」といったことができるようになる。泡に乗っている間は、空中を前後左右自由に動き回れる。
泡には赤・緑・青の3色がある。乗っている泡と同じ色の泡に触れることで、泡を大きくすることもできる。大きくした状態で泡を割ると、一気に高得点を獲得できる。ハイスコアを狙うためのテクニックには、違う色の泡同士が重なっている状態で割る「連鎖」「同時消し」もある。
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