クドと同じ部屋で過ごす夏──
主人公・直枝理樹は、恋人同士となった能美クドリャフカと楽しい毎日を送っていた。
夏休みが始まり、リトルバスターズの面々が帰省する中、クドと理樹は寮に残っていたが、そんな矢先、男子寮のリフォーム中に水道事故が起こり、理樹の部屋が使えなくなってしまう。
途方に暮れている理樹に、クドが「ルームメイトさん、今も募集中、なの、です…」と申し出てくる。
つい「うん」と頷いてしまう理樹。
こうして二人はクドの部屋で一緒に生活することに。
クドの夏休みの自由研究を手伝いながら、他の寮生にバレないように過ごす日々。
そんな二人が目指す場所は一体どこなのか──