人類と神魔が共に歩み続けること数万年、神魔は人類に愛と恵みを与え、人類は信仰の力を神魔に返納していた。しかし人類の科学技術が発展するにつれて、信仰が薄れ、新魔の力も衰え始めた。人類と神魔との間に立つ存在である「君主」もこれを全て感じ取っており、この事態が悪化すれば世界のバランスが崩れ、最終的には宇宙が消滅してしまうと考えた。
そこで「君主」が集まり科学技術の力を使って人工の島を作った。そこをカオスアカデミーと名づけ、人類の信仰を呼び覚まし、神魔の力を増大させようと考えた。君主たちは神魔と特殊な繋がりを持つ人類をアカデミーに召喚し、神魔の力を宿らせる媒体としてアカデミー内のバトルを通して神魔に力を与え、神魔と人類とのバランスを維持しようと考えた。
そうして自らの思想を抱いた君主たちが、自分と信仰を存続させるために、カオスアカデミーで熾烈なバトルを繰り広げることとなったのだ……