1990年代後半。東京都H市近郊にある、創立100周年を迎える名門校「近衛原学園」では、「シビトが死を宣告する」という奇妙な噂が流れていた。
実際、数週間前には生徒が失踪しており、その生徒が失踪する前日、学園の掲示板には「しんあいなるシビト」からの、死を宣告する手紙が貼られていたという。
しかし、警察の捜査ではそのような手紙は見つかっておらず、生徒は未だに行方不明という状況だった。
そして、そのような状況下で、またもシビトの宣告が届く。
夏が過ぎた頃。学園長の近衛は、事件の調査のために、怪異を“診る”事ができる男「怪医家」と呼ばれている八敷一男/九条正宗を学園へと招く。