色々あるので、まとめています。
情報があれば、コメントまでよろしくお願いします。
【7/28 追加更新】他のユーザーさんがQRコードを投稿してくれていたので、リンクを追加しました!

ソフト購入特典で手に入る

パッケージ版購入特典(元祖)
もらえる物:ジバニャンメダル(ニャイーン)
QRコード読み込み:新必殺技ニャイーンが使えるジバニャン

パッケージ版購入特典(本家)
もらえる物:ジバニャンメダル(コマニャチ)
QRコード読み込み:新必殺技コマニャチが使えるジバニャン

ダウンロード版購入特典(元祖)
もらえる物:ゲーム内で、ロボニャンF型

ダウンロード版購入特典(本家)
もらえる物:ゲーム内で、セーラーニャン

▼こちらに詳細あり
【妖怪ウォッチ2】購入特典

雑誌・映画特典で手に入る

7月10日発売ファンブック3号特典
もらえる物:キウイニャンメダル
QRコード読み込み:キウイニャン
キウイニャンのQRコードはコチラ!
読み込むとマップのどこかに出現するので、戦って友達にできる

▼他のフルーツニャンのQRコードはコチラ!
『妖怪ウォッチ2』フルーツニャン系のQRコード一覧

7月15日発売コロコロ8月号特典
もらえる物:付録のQRコード
QRコード読み込み:4体のどれかが出る特別なガシャコイン
出現する可能性があるのは、「アペリカン」「一旦ゴメン」「魔ガサス」「ボー坊」

7月16日発売オールカラーコミックス 妖怪ウォッチ~わくわく☆にゃんだふる 2014年 09月号 [雑誌]
もらえる物:付録のQRコード
QRコード読み込み:なんらかの妖怪ガシャコインがもらえる

7月19日発売劇場前売り券特典
もらえる物:フユニャンメダル
QRコード読み込み:フユニャン
フユニャンのQRコードはコチラ!

▼特別な妖怪の入手方法は他にもあるようです
【妖怪ウォッチ2】前作妖怪ウォッチとの連動
【妖怪ウォッチ2】購入特典
【妖怪ウォッチ2】お店で手に入る限定妖怪ガシャコイン「ドキドキコイン」
【妖怪ウォッチ2】ご当地妖怪パスワード一覧
【妖怪ウォッチ2】ワンダーニャン【攻略】
【妖怪ウォッチ2】QRコード(購入特典、雑誌付録)で手に入る妖怪
【妖怪ウォッチ2】ロボコマ・ロボG・ロボガッパについて【攻略】


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