初回版との違い

1.ゾイド最大保有数
ゾイドの最大保有数は153体(アトレーと三獣士の機体を含む)ですが…
初回版に限り、一度開発した機体は売っても最大保有数を減らすことが出来ません。
また、改造して新しくゾイドを造ったとしても、
新しいゾイドを1体開発したと認識され、最大保有数に加算されてしまいます。
例：サーベルタイガーをセイバータイガーに改造する
→サーベルで1体、セイバーで1体、計2体分としてカウントされる。
つまり、その分所持できるゾイドが少なくなります。(藤間さん提供)
また、エミュレーターの方は126体が最大と言う結果が出ました。
よって、初回限定版と同じ可能性が高いです。
ちなみに、再販版は修正されているようです。
どの道、ここまで開発し続ける人は少ないと思いますが…

2.ケーニッヒウルフ
付けられる武装が違います。
初回版→1.防　2.防　3.防
後から発売された方は武器も装備出来るようです。