PS3を買い替えようかと思ってるのですがトロフィーデータを引き継ぐことは出来るのでしょうか？

PSNに登録していれば出来ます。（トロフィーの情報は自動的にサーバー保存される）
買い換えたPS3で以前のPSNアカウントにサインアップすれば引き継がれますよ。

最新バージョンではLANケーブルをPS3同士で繋げることによって、データを移動させることも出来ます。