このソフトは、2002年に発売されたゲームボーイアドバンス用のアクションゲームです。
レプリロイドを凶暴化させる?ウィルスの発生が発端となり、長きにわたって繰り広げられた「イレギュラー戦争」。その永遠に続くかと思われた戦いも、ついにはひとりの英雄「エックス」の活躍によって終わりを告げ、世界は復興の道を歩み始めた。人間が幸せに生活することができるユートピアを目指し再生の拠点として築き上げられた都市「ネオ・アルカディア」。人々はようやく笑顔を取り戻せるかにみえた……。
しかしそこではレプリロイドのイレギュラー化を恐れる政府が、不当な理由で次々とレプリロイドたちを処分していた。
このままではみんな死んでしまう!
元科学者の少女「シエル」はある場所に今もねむっている伝説のレプリロイド「ゼロ」の名を思い出した……もし伝説が本当なら……。