知ってる限りだけですが

エムリット…ディアルガと戦った後、シンジ湖の中央にいます
そしたら逃げるんで、その後はシンオウ地方のどこかでランダムに出ます

ユクシー、アグノム…エムリットにあった後エイチ湖、リッシ湖で会えます

クレセリア…殿堂入りしてからミオの船着場の近くの家に行くと子供が病気で寝ています
そのあと船着場の船員に話すとまんげつじまへ行けるので、その奥にいます
1回会うと逃げるので、シンオウ地方のどこかでランダムに出てきます

ギラティナ…殿堂入り後、214番道路の右側に「かくれいずみへのみち」が出ます
そこから進んで「もどりのどうくつ」の奥にいます

ロトム…殿堂入り後森の洋館の前にいるナタネと話して夜に洋館の奥のテレビを調べると出てきます

レジギガス…殿堂入り後にキッサキしんでんの入り口の人に話すと中に入れるようになるので、その奥にいます
GBAからレジ3体を送ってないと戦えません

ヒードラン…ハードマウンテンの奥へ一度行き、
バクが石を持ち帰ったらサバイバルエリアの左のほうの家でバクに会う。
バクがもう一度家を出て行ったら、再びハードマウンテンに行くとヒードランがいます



投稿日見ればわかると思いますが、たぶんこれが1番最初の投稿です

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