本作はホウエン地方が舞台となっている。水と緑に囲まれた自然豊かな地方でカントー地方やジョウト地方からはかなり離れた場所にある。マップの原型は九州地方(沖縄も含む)である(マップを90°右に傾けるとわかりやすい)。また、道路・水道は100番台になっている。

<ミシロタウン>(Littleroot Town) - 主人公が引っ越してきた町。オダマキ博士の家がある。モデルは佐世保市と思われる。

<コトキタウン>(Oldale Town) - ミシロタウンのとなりにある小さな町。モデルは佐賀市と思われる。

<トウカシティ>(Petalburg City) - コトキタウンの西にある町。主人公の父・センリがジムリーダーをするトウカシティジムがある。モデルは伊万里市か唐津市と思われる。

<カナズミシティ>(Rustboro City) - ホウエンの西岸にある大きな町。ポケモンのアイテムを作るデボンコーポレーションの本社や、ポケモンの学校であるトレーナーズスクールなどがある。モデルは福岡市または北九州市と思われる。

<ムロタウン>(Dewford Town) - ホウエンの南西の島にある田舎町。モデルは対馬と思われる。

<カイナシティ>(Slateport City) - キンセツシティの南にある港町。連絡船タイドリップ号の乗り場や海の科学博物館がある。モデルは長崎市と思われる。

<キンセツシティ>(Mauville City) - ホウエン地方のほぼ中央に位置する交通の要衝。ゲームコーナーやサイクルショップカゼノがある。モデルは熊本市と思われる。

<シダケタウン>(Verdanturf Town) - キンセツシティの西にある町。高原にあり、静養に訪れる人も多い。モデルは鳥栖市か久留米市だと思われる。

<ハジツゲタウン>(Fallarbor Town) - えんとつやま(阿蘇山がモデルと思われる)の北側にある、火山灰の降る農業の町。モデルは大分市か別府市だと思われる。

<フエンタウン>(Lavaridge Town) - えんとつやまのふもとにある温泉町。モデルは由布市の由布院温泉だと思われる。

<ヒワマキシティ>(Fortree City) - ホウエン北部にある町。人々は木の上に建った家で暮らしている。モデルは宮崎市だと思われる。

<ミナモシティ>(Lilycove City) - ホウエン本土の東の半島にある大きな町。デパートや民宿、タイドリップ号乗り場がある。モデルは鹿屋市と思われる。また、近くにあるおくりびやまのモデルは、桜島と思われる。

<トクサネシティ>(Mossdeep City) - ミナモシティの東の島にある町。宇宙センターがある。モデルは種子島と思われる。

<ルネシティ>(Sootopolis City) - トクサネシティの南西に浮かぶ島の中にある町。ダイビングを使用しないと入れない。モデルは屋久島と思われる。

<キナギタウン>(Pacifidlog Town) - カイナシティへ向かう水道の途中にある町。サンゴ礁の上に町がある。モデルは甑島列島だと思われる。サイユウシティ寄りに滅多に出現しないまぼろし島があり、奄美大島だと思われる。

<サイユウシティ>(Ever Grande City) - ホウエンポケモンリーグがある。町ということになっているが、一般の民家などは無い。モデルは沖縄本島と思われる。

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