〜ミシロタウン〜
町の人に話しかけて101番道路に進みましょう。
外に出るとオダマキ博士がポケモンに襲われているので助ける事になる。
※この時に博士にかりたポケモンが主人公のパートナーになる。


〜103番道路〜
一番北側にいくとライバルが居るので話し掛けるとポケモンバトルとになる。
※必ず主人公の反対の性別・主人公がもらったポケモンの相性の良いポケモンを出してくる。
出してくるポケモンのレベルは共通で5。
ライバルに勝った後、ミシロタウンに戻る。


〜ミシロタウン〜(ライバルと戦って勝利した後)
ジムリーダーの所に主人公のパパがいるので話し掛けると、ミツルとのイベントが発生する。
イベント後に、カナズミシティに向かうように言われる。
その後、104番道路に出られるようになる。


〜トウカの森〜
上の方にすすんでいくとデポンの研究員とのイベントが発生しマグマ団 アクア団が襲ってくる。
このバトルに勝利するとスーパーボールが貰える。
引き続きカナズミへ向かう。


〜カナズミシティ〜
いあいぎりオヤジの家で「ひでマシン01」が貰える。
「ひでマシン01」の中身は「いあいぎり」で、「ストーンバッジ」が無ければ戦闘以外で使用出来ない。
ジムリーダーに挑戦する。
ツツジはいわタイプのポケモンを使って来る(イシツブテ&ノズパス)
くさ、みずタイプが有効なので、それらのタイプで押し切ろう。
勝利すると「ストーンバッジ」が貰える。
勝利後、ジムを出るとマグマ団 アクア団を研究員が追っているところを目撃し、町の右の方へ行くと、カナシダトンネルの方へと言われる。


〜カナシダトンネル〜
トンネルの前にいるハギろうじんの話を聞いたらトンネル内へ。
トンネルを少し進んだところにいるマグマ団 アクア団とポケモンバトルになる。
勝てば「デボンのにもつ」を返して貰える。
荷物を持ってカナズミシティに戻ると、デボンコーポレーションの3階へ案内され、お使いを頼まれる。
※「デボンのにもつ」をカイナシティのクスノキ館長に届ける。
※「ダイゴへのてがみ」をムロタウンに居るダイゴに届ける。
この時にお礼として「ポケナビ」をくれる。
おつかいをする為に、104番道路の浜辺にある「ハギろうじんのこや」へ行く 。


〜ムロタウン〜
ジムリーダーに挑戦する。
トウキはかくとうタイプのポケモンを使って来る(ワンリキー&マクノシタ)
勝利すると「ナックルバッジ」が貰える。
ダイゴを探しにいしのどうくつに行く。


〜いしのどうくつ〜
ダイゴは最深部に居る。
手紙を渡すと、お礼に「わざマシン47」を貰える。
ムロシティに戻り、ハギろうじんに話をかけてカイナシティへ。


〜カイナシティ〜
右のほうにあるクスノキ造船所の研究員に話すと、クスノキを探すことになる。
博物館2階にいるクスノキに話をかけるとマグマ団 アクア団が来てバトルになる。
キンセツシティに向かう。


〜キンセツシティ〜
入って右の家で「ひでマシン06」が貰える。
「ひでマシン06」の中身は「いわくだき」で、「ダイナモバッジ」が無ければ戦闘以外で使用出来ない。
サイクルショップで、自転車が貰える。
※「マッハじてんしゃ」「ダートじてんしゃ」はそれぞれ自由に切り替え可能。
ジム前でミツルとバトルすることになる。
ジムリーダーに挑戦する。
テッセンはでんきタイプのポケモンを使って来る(コイル&ビリリダマ&レアコイル)
勝利すると「ダイナモバッジ」が貰える。


〜ハジツゲタウン〜
ソライシ博士の家に行く。
ソライシ博士は114番道路の流星の滝に行った事が分る。
流星の滝に行く。


〜流星の滝〜
流星の滝の中でマグマ団 アクア団とソライシ博士が居てなにやら揉めている。
そこにアクア団 マグマ団が現れる。
隕石を奪って逃走するので追いかける。


〜えんとつやま〜
ここでマグマ団 アクア団とのバトルになる。
最後にはそれぞれの幹部との戦い。
戦闘後に、いんせきを入手する。
デコボコさんどうを経由しフエンタウンへ。


〜フエンタウン〜
ジムリーダーに挑戦する。
アスナはほのおタイプのポケモンを使って来る(マグマッグ&マグマッグ&コータス)
勝利すると「ヒートバッジ」が貰える。
その後、ジムから出るとライバルが現れて、ゴーゴーゴーグルが貰える。


〜トウカシイティ〜(ヒートバッジ入手後)
ジムリーダーに挑戦する。
センリはノーマルタイプのポケモンを使って来る(ケッキング&ヤルキモノ&ケッキング)
勝利すると「バランスバッジ」が貰える。
ジム戦の後、ジムのとなりにあるミツルの家で「ひでマシン03」が貰える。
キンセツシティまでなみのりで行き、118番道路へ進む。


〜天気研究所〜
天気研究所へ進み、マグマ団 アクア団を倒していく。
幹部に勝って助けると、研究員からポワルンがもらえます。
※手持ちに空きが無いと貰えない。
その後、外に出て橋を渡り終わるとライバルが現れバトルになる。
勝利すると「ひでマシン02」が貰える。
「ひでマシン02」の中身は「そらをとぶ」で、「フェザーバッジ」が無ければ戦闘以外で使用出来ない。


〜ヒワマキシティ〜
一度120番道路に居るダイゴに話し掛け「デボンスコープ」を貰う必要がある。
貰ったあと、ジム前に居る【みえなになにか】を処理する。
ジムリーダーに挑戦する。
ナギはひこうタイプのポケモンを使って来る(オオスバメ&エアームド&チルタリス&ペリッパー)
でんきタイプやこおりタイプで迎撃しよう。
勝利すると「フェザーバッジ」が貰える。


〜ミナモシティ〜
現時点では特にする事も無い。
デパートの前に居るライバルに話し掛けるとバトルになる。
おくりびやまに行く。


〜おくりびやま〜
頂上に向かう。
マグマ団 アクア団が居るので(約5人前後)倒して老夫婦の所へ。
それぞれのリーダーがあいいろのたま べにいろのたまを奪い取って行く。
老夫婦からべにいろのたま あいいろのたまを貰いカイナシティへ行く。


〜カイナシティ〜(玉が奪われるイベント終了後)
船乗り場でマグマ団 アクア団に潜水艦を奪われる。
ミナモシティにある アジトに行く。


〜アジト〜(潜水艦が奪われた後)
アジトの奥に居るリーダーを探す。
しかし、逃げられる。トクサネへ向かう。
※途中に「マスターボール」がある。
ストーリーが進むと取れなくなる。


〜トクサネシティ〜
島北西部にあるダイゴの家で「ひでマシン07」がある。
「ひでマシン07」の中身は「ダイビング」で、「マインドバッジ」が無ければ戦闘以外で使用出来ない。
ジムリーダーに挑戦する。
フウとランはソルロック&ルナトーンのタブルバトル。
2匹のレベルが高い(Lv42)ので注意が必要。
勝利すると「マインドバッジ」が貰える。
海底洞窟に行く。


〜海底洞窟〜
最深部まで進むと各リーダーとのバトルになる。
その後グラードン カイオーガが目覚める。
ルネシティに行く。
※ルビーでは戦闘中に「にほんばれ」が、サファイアでは「あまごい」の効果が両モンスターを沈めるまで持続する。


〜ルネシティ〜
めざめのほこら付近に居るダイゴ&ミクリに話し掛け中へ。
最深部まで進む。
最深部に居るグラードン カイオーガを倒すか捕まえる。
ジムリーダーに挑戦する。
ミクリはみずタイプのポケモンを使って来る(ラブカス&ナマズン&トドクラー&アズマオウ&ミロカロス)
普通にでんきかくさタイプで攻めよう。
勝利すると「レインバッジ」が貰える。
サイユウシティに行く。


〜サイユウシティ〜
「たきのぼり」を使い上りチャンピオンロードへ。
チャンピオンロード出口付近でミツルと再会しバトルへ。
ポケモンリーグで四天王戦。
※「たきのぼり」は「レインバッジ」が無ければ使用出来ない。
チャンピオンロードは「なみのり」「かいりき」「フラッシュ」「いわくだき」「たきのぼり」が必要。


  〜タマゴグループ〜


植物グループ
ハスボー ハスブレロ ルンパッパ タネボー コノハナ
ダーテング キノココ キノガッサ ナゾノクサ クサイハナ
ラフレシア キレイハナ ロゼリア サボネア ノクタス
トロピウス


虫グループ
ケムッソ カラサリス アゲハント マユルド ドクケイル
アメタマ アメモース ツチニン テッカニン バルビート
イルミーゼ ナックラー ビブラーバ フライゴン カイロス
ヘラクロス


飛行グループ
スバメ オオスバメ キャモメ ペリッパー ズバット
ゴルバット クロバット ドードー ドードリオ エアームド
チルット チルタリス ネイティ ネイティオ


鉱物グループ
イシツブテ ゴローン ゴローニャ ノズパス ユキワラシ
オニゴーリ


人型グループ
ケーシィ ユンゲラー フーディン マクノシタ ハリテヤマ
ヤミラミ ワンリキー ゴーリキー カイリキー アサナン
チャーレム バルビート イルミーゼ パッチール サボネア
ノクタス


怪獣グループ
キモリ ジュプトル ジュカイン ミズゴロウ ヌマクロー
ラグラージ ゴニョニョ ドゴーム バクオング ココドラ
コドラ ボスゴドラ トロピウス サイホーン サイドン


妖精グループ
キノココ キノガッサ マリル マリルリ エネコ
エネコロロ クチート プラスル マイナン ロゼリア
プリン プクリン ポワルン ピカチュウ ライチュウ
ユキワラシ オニゴーリ


ドラゴングループ
キモリ ジュプトル ジュカイン コイキング ギャラドス
チルット チルタリス ハブネーク ヒンバス ミロカロス
タッツー シードラ キングドラ タツベイ コモルー
ボーマンダ


陸上グループ
アチャモ ワカシャモ バシャーモ ポチエナ グラエナ
ジグザグマ マッスグマ タネボー コノハナ ダーテング
ナマケロ ヤルキモノ ケッキング ゴニョニョ ドゴーム
バクオング エネコ エネコロロ クチート ラクライ
ライボルト ホエルコ ホエルオー ドンメル バクーダ
コータス バネブー ブーピッグ サンド サンドパン
パッチール ザングース ハブネーク カクレオン アブソル
ロコン キュウコン ピカチュウ ライチュウ コダック
ゴルダック キリンリキ ゴマゾウ ドンファン サイホーン
サイドン タマザラシ トドクラー トドゼルガ


不定形グループ
ラルトス キルリア サーナイト ゴクリン マルノーム
マグマッグ マグカルゴ ベトベター ベトベトン ドガース
マタドガス ポワルン カゲボウズ ジュペッタ ヨマワル
サマヨール チリーン ソーナンス


水中1グループ
ミズゴロウ ヌマクロー ラグラージ ハスボー ハスブレロ
ルンパッパ キャモメ ペリッパー アメタマ アメモース
マリル マリルリ ヘイガニ シザリガー ヒンバス
ミロカロス コダック ゴルダック タマザラシ トドクラー
トドゼルガ パールル ハンテール サクラビス ジーランス
サニーゴ タッツー シードラ キングドラ


水中2グループ
トサキント アズマオウ コイキング ギャラドス キバニア
サメハダー ホエルコ ホエルオー ドジョッチ ナマズン
ジーランス チョンチー ランターン ラブカス


水中3グループ
メノクラゲ ドククラゲ ヘイガニ シザリガー リリーラ
ユレイドル アノプス アーマルド サニーゴ


未発見グループ
ヌケニン コイル レアコイル ビリリダマ マルマイン
ルリリ ププリン ピチュー ソーナノ ルナトーン
ソルロック ヤジロン ネンドール ヒトデマン スターミー
ダンバル メタング メタグロス レジロック レジアイス
レジスチル ラティアス ラティオス カイオーガ グラードン
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