ステージ分岐について

　1.Stage2.x
　初回プレイ時は必ずStage2.2で突入します。
　stage2.x面ボスの「ネスグ・オ・シーム」戦では
　敵の体から「赤」または「青」の突起物が時々出てきます。
　赤を破壊すると小数点第一位の数字が下がり、水位が低下します。
　青はその逆です。ただしstage2.0,2.4に関しては片方しか出現しません。
　両方とも破壊しなければ次回もその水位を継続することとなります。

　2.Stage3.5
　RX-12 クロス・ザ・ルビコンでStage3.0をクリアすると突入します。
　クリア後はR-13T エキドナを獲得の上、Stage4.0に移行します。

　3.Stage6.1〜Final-B
　1度でもゲームクリア(F-Aのラストボスを倒しエンディングを見る)
　をしていると、Stage5.0のボス「ファインモーション」に「青い旗のパーツ」が付きます。
　これを破壊し、ファインモーション戦を終了すると(破壊しても、タイムオーバーでも結構です)
　Stage6.1コースを選択したことになります。
　なお、Final-Bで使用する機体はStage6.1クリア時点の使用機体で若干変化します。
　R機体とB-3B以降のバイド機体の場合、B-1D バイドシステムα、
　その他のバイド機体の場合、
　B-3B メタリックドーンとなるようです(まだすべて検証したわけではないです)。
　他の人に確認してもらったところ
　BX-T　ダンタリオン
　B-1A　ジキタリス
　B-1B　マッドフォレスト
　B-1C　アンフィビアン
　BX-2　プラトニックラヴ
　B-3A　ミスティーレディ
　この６つとそれらのアッパーバージョンに関してはメタリックドーンになるようです。
　(新たな情報があればどしどしお寄せください。)
　これらの機体はFinal-Bをクリアしてもミュージアムには追加されません
　(通常通り開発をおこなう必要があります)。

　4.Stage6.2〜Final-C
　Final-A,Final-Bの両エンディングを見ている場合、
　Stage5.0のボス・ファインモーションにはさらに「赤い旗のパーツ」が付きます。
　これを破壊し、ファインモーション戦を終了すると(破壊しても、タイムオーバーでも結構です)
　Stage6.2コースを選択したことになります。
　Final-Cは「１ミス即ゲームオーバー」の特別ステージとなっています。

　なお、いずれのコースも、使用機体には依存しないようです。